Berdasarkan data Badan Koordinasi Penanaman Modal (BKPM) nilai investasi Jepang ke Indonesia pada 2016 melonjak 86 persen mencapai US$ 5,4 miliar setara Rp 71,8 triliun dibanding tahun sebelumnya yang hanya mencapai US$ 2,9 miliar. Dalam lima tahun terakhir, nilai investasi dari Negeri Matahari Terbit ini selalu di atas US$ 2 miliar dan selalu menempati peringkat lima besar sebagai investor asing terbesar di Indonesia. Sejauh ini, investor asal Jepang sudah masuk sejumlah sektor industri mulai dari makanan dan minuman, manufaktur, properti, teknologi, infrastruktur, otomotif, kelautan, dan agribisnis di Indonesia.
Namun demikian, kerja sama kedua negara di sektor agribisnis dan kelautan belum maksimal dalam menarget pasar mancanegara. Beberapa waktu lalu, Menteri Kelautan dan Perikanan Susi Pudjiastuti menemui Sekretaris Jenderal Partai Liberal Demokrat Toshihiro Nikai untuk membahas isu kerja sama strategis dari investasi, asistensi teknis hingga memerangi praktik penangkapan ikan secara ilegal atau illegal fishing. Hal ini diharapkan dapat memaksimalkan kerja sama pada sektor agribisnis khususnya di sektor perikanan.