Wamena merupakan salah satu kota yang berada di Kabupaten Jayawijaya dengan luas wilayah 110,85 km persegi. Luas tersebut hanya 1,3% dari total luas Kabupaten Jayawijaya 8.495,85 km persegi.
Sementara wilayah yang memiliki terluas adalah Trikora, yakni mencapai 876,25 km persegi atau sekitar 10,31% dari total. Sementara wilayah terkecil adalah Wouma dengan luas 48,75 km persegi atau hanya 0,57% dari luas wilayah Kabupaten Jayawijaya.
Pada Senin, 23 September 2019 Wamena dilanda kerusuhan. Ratusan rumah warga, ruko, serta kantor-kantor pemerintahan dibakar massa. Puluhan orang mengalami luka-luka dan korban meninggal lebih dari 30 jiwa.