Data SETARA Institute mencatat sejak 2007 hingga 2018 setidaknya terdapat 398 gangguan terhadap rumah ibadah. Gereja merupakan rumah ibadah yang paling sering diserang dengan 199 gangguan.
Tindakan intoleransi ini ternyata tidak hanya menyerang kelompok minoritas, sebab masjid juga diserang. Dalam rentang waktu 12 tahun, terdapat 133 gangguan pada rumah ibadah umat Islam itu. Aliran keagamaan tertentu juga menjadi korban selanjutnya dengan total 32 gangguan.
Gangguan-gangguan ini tersebar di berbagai tempat di Indonesia. Jawa Barat menjadi provinsi dengan angka gangguan kebebasan beragama tertinggi, 629 peristiwa. Para pelaku intoleransi terdiri atas aktor negara (kepolisian, pemerintah) dan aktor non negara (warga, ormas keagamaan).