Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) perikanan hingga Agustus 2016 mencapai Rp 279,7 miliar, melonjak lebih dari seratus persen dibandingkan pada 2015. Capaian ini juga lebih tinggi dari posisi 2014. Hingga akhir 2016, total PNBP perikanan diperkirakan akan mencapai Rp 300 miliar.
Lonjakan PNBP perikanan 2016 merupakan dampak dari moratorium kapal-kapal eks asing dan kebijakan Kementerian Kelautan dan Perikanan lainnya. Semua PNBP tersebut merupakan hasil setoran dari kapal ikan nasional. Selain itu, penghematan pemberian subsidi pembelian bahan bakar bagi nelayan juga turut menyumbang naiknya pendapatan bukan pajak sektor perikanan.
Pada 2015, penerimaan bukan pajak di sektor perikanan mengalami penurunan karena diberlakukannya kebijakan markdown amnesty, yakni selama proses mengukuran ulang kapal-kapal penangkap ikan tidak dilakukan pungutan.