Anggaran untuk kesehatan dalam Anggaran Pendapatan dan Belanja (APBN) 2017 sebesar Rp 104 triliun meningkat Rp 500 miliar dari RAPBN 2017. Kenaikan ini untuk mempertahankan anggaran sektor kesehatan sebesar 5 persen dari total belanja pemerintah Rp 2.080,5 triliun.
Sumber anggaran kesehatan pada 2017 berasal dari belanja pemerintah pusat mencapai 72,3 persen dan diikuti dari Transfer ke Daerah dan Dana Desa 24,2 persen, dan sisanya dari pembiayaan.
Sasaran pembangunan sektor kesehatan pada Kepemimpinan Presiden Joko Widodo dan Jusuf Kalla antara lain: imunisasi dasar yang lengkap bagi anak usia 0-11 bulan hingga 92 persen, prevalensi stunting (pendek) pada anak umur di bawah 2 tahun 29,6 persen, serta kecamatan dengan puskesmas terakreditasi sebanyak 700 kecamatan.