Dalam Ikhtisar Hasil Pemeriksaan Semester (IHPS) Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) pada paruh pertama 2017 ditemukan kerugian pada penerimaan negara senilai US$ 1,18 miliar atau Rp 15,89 triliun di sektor migas. Kerugian tersebut salah satunya disebabkan oleh ketidakpatuhan terhadap ketentuan peraturan perundang-undangan atas perhitungan hasil migas.
Adapun penyebab kerugian terbesar adalah pembebanan biaya-biaya yang tidak semestinya dalam penggantian biaya operasional migas (cost recovery), nilainya mencapai US$ 956 juta atau sekitar Rp 12,9 triliun. Kemudian adanya keterlambatan penyelesaian kewajiban pajak dari 17 Kontraktor Kontrak Kerja Sama (KKKS) hingga tahun pajak 2015 senilai US$ 209,25 juta. Ditambah potensi kehilangan penerimaan negara dari pengenaan denda atau bunga pajak minimal untuk tahun pajak 2015 senilai US$ 11,45 juta.
Selain adanya kerugian, BPK juga menemukan kelemahan pada pengendalian internal di SKK Migas. Antara lain, Standar Operasional Prosedur (SOP) serta satuan pengawas internal belum berjalan optimal.