Alokasi anggaran untuk naturalisasi sungai menjadi yang terbesar program penanganan banjir Ibu Kota 2020. Pemerintah Provinsi DKI Jakarta melalui Dinas Sumber Daya Air menganggarkan program pengendalian banjir pada 2020 sebesar Rp 294 miliar. Anggaran terbesar untuk pembangunan pengendalian banjir melalui naturalisasi kali/sungai, waduk/situ/embung, dan kelengkapannya sebesar Rp 288,6 miliar.
(Baca: Korban Meninggal Akibat Banjir Jabodetabek Bertambah Jadi 60 Jiwa)
Anggaran terbesar selanjutnya untuk pengelolaan Helpdesk Command Center Pengaduan Masyarakat, monitoring banjir, dan pengelolaan data dan informasi sebesar Rp 2,4 miliar.Sisanya, digunakan untuk perencanaan sarana dan prasarana sistem pengendali banjir sistem aliran tengah hingga timur.