Ternyata lebih dari separuh peserta BPJS Kesehatan dibiayai dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN). Dari total 176,74 juta peserta BPJS Kesehatan, sebanyak 92 juta (52 persen) merupakan penerima bantuan iuran (PBI) dari APBN. Jumlah ini merupakan yang terbanyak dari kategori peserta lainnya. Sedangkan peserta BPJS Kesehatan PBI dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) mencapai 16,96 juta (9,59) persen. Jadi total peserta BPJS Kesehatan penerima bantuan iuran (APBN dan APBD) mencapai 108,99 juta peserta atau lebih dari 61,67 persen.
Sementara peserta penerima upah (PPU) BPJS Kesehatan hanya mencapai 67,75 juta atau 38,33 persen. Jumlah tersebut terdiri atas pegawai negeri sipil (PNS dan TNI Polri), karyawan swasta, pejabat negara, perusahaan BUMN dan BUMD. Sejak berdiri hingga saat ini tunggakan iuran BPJS Kesehatan mencapai Rp 3,4 triliun. Posisi terakhir tunggakan senilai Rp 1,7 triliun.
Banyaknya peserta PIB dari APBN serta peserta berbayar yang menunggak iuran membuat BPJS Kesehatan mengalami defisit. Pada 2016, BPJS Kesehatan menerima penyertaan modal dari pemerintah sebesar Rp 6,8 triliun untuk menutup defisit. Kemudian pada 2017, BPJS Kesehatan kembali akan menerima penyertaan modal senilai Rp 3,6 triliun.