Nusa Tenggara Timur merupakan daerah dengan jumlah sanitasi layak paling minim di Indonesia. Badan Pusat Statistik (BPS) dalam Indikator Perumahan dan Kesehatan Lingkungan 2015 mencatat hanya 23,9 persen rumah tangga di wilayah ini yang memiliki fasilitas kebersihan yang memadai. Papua menjadi daerah kedua dengan kualitas sanitasi rendah, hanya sepertiga warga Papua yang memiliki sanitasi layak.
Kalimantan Tengah, Bengkulu, dan Kalimantan Barat juga tergolong buruk dalam hal sanitasi. Rumah tangga yang memiliki sanitasi layak di daerah itu tidak mencapai 50 persen. Sanitasi layak merupakan hal penting dalam menentukan kesehatan lingkungan. Laporan ini mendeskripsikan rumah tangga dengan sanitasi layak apabila memiliki fasilitas buang air besar sendiri atau bersama, menggunakan kloset leher angsa atau plengsengan dengan tutup, dan memiliki tempat pembuangan akhir tinja tangki septik.