Anggaran pemerintah pusat yang mengalir ke Papua dalam bentuk dana Otonomi Khusus pada 2018 sebesar Rp 12,03 triliun. Jumlah tersebut naik 4,86% dibandingkan dengan realisasi tahun sebelumnya.
Berdasarkan Laporan Keuangan Pemerintah Pusat 2018 yang telah diaudit, jumlah tersebut terdiri atas Rp 8,03 triliun dana Otonomi Khusus (Otsus) dan Rp 4 triliun dalam bentuk Dana Tambahan Infrastruktur (DTI). Secara lebih rinci, dana otonomi untuk Provinsi Papua Rp 5,62 triliun dan Provinsi Papua Barat Rp 2,41 triliun. Sedangkan dana tambahan infrastruktur Papua Rp 2,4 triliun dan Papua Barat Rp 1,6 triliun.
Dalam APBN 2019, pemerintah kembali akan mengucurkan dana Otonomi Khusus untuk dua provinsi paling timur di Indonesia tersebut sebesar Rp 12,66 triliun dan Rp 13,54 triliun pada 2020.