Pertamina mempunyai enam unit kilang minyak di Indonesia. Total produksi di enam kilang tersebut mencapai 1.031 ribu barel per hari (MBSD). Kilang terbesar berada di Unit Pengolahan (UP) IV Cilacap sebesar 348 MBSD. Kilang minyak unit V Balikpapan menyusul dengan kapasitas produksi 260 MBSD.
Salah satu kilang tersebut, yakni Kilang Unit Pengolahan (UP) VI di Balongan, Indramayu terbakar pada Senin 29 Maret 2021. Kilang Balongan tersebut merupakan salah satu kilang yang kapasitas produksinya ditingkatkan melalui program Refinery Development Master Plan (RDMP), dari 125 MBSD menjadi 150 MBSD.
Penyebab kebakaran kilang minyak di Balongan belum dapat dipastikan. Tetapi kebakaran terjadi saat hujan deras dan petir berlangsung. Kini, kilang tersebut dimatikan guna mengendalikan arus minyak dan mencegah perluasan kebakaran.