Perkembangan alokasi Dana Otonomi Khusus (Otsus) dalam Rancangan Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (RAPBN) 2020 untuk Provinsi Papua dan Papua Barat cenderung stagnan. Dalam RAPBN 2020 Dana Otsus untuk Provinsi Papua dan Papua Barat sebesar Rp 8,37 triliun. Sementara untuk Provinsi Aceh tercatat sebesar Rp 8,4 triliun.
Secara rinci, perkembangan Dana Otsus Provinsi Papua sebesar Rp 5,9 triliun atau sama dengan proyeksi (outlook) 2019. Selama kepemimpinan Jokowi, alokasi Dana Otsus untuk Provinsi Papua hanya berada di kisaran Rp 4,9 triliun-Rp 5,9 triliun. Sementara untuk Provinsi Papua Barat sejak 2015 berada dikisaran Rp 2,1 triliun-Rp 2,5 triliun.
Penggunaan Provinsi Papua dan Provinsi Papua Barat terutama ditujukan untuk pendanaan di bidang pendidikan dan kesehatan.
Selain itu, Provinsi Papua dan Papua Barat juga mendapatkan alokasi Dana Tambahan Infrastruktur (DTI). Dana ini diarahkan untuk mempercepat penyediaan infrastruktur dan transportasi di pulau paling timur Indonesia.