Rerata Nilai Ujian Nasional Berbasis Komputer (UNBK) tingkat SMP Kota Yogyakarta sebesar 80,71 pada tahun ajaran 2018/2019. Angka tersebut, menurut data Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, lebih tinggi dari rerata UNBK Provinsi Yogyakarta (67,96) maupun rerata nasional (52,91).
Tingginya rerata UNBK Kota Yogyakarta salah satunya ditopang oleh capaian nilai ujian dari beberapa SMP Negeri di kota tersebut. Tujuh di antaranya memiliki nilai di atas 81 atau di atas rerata Kota Yogyakarta.
Adapun SMP Negeri yang memiliki nilai UNBK tertinggi di Kota Pendidikan tersebut adalah SMP Negeri 5, yakni sebesar 95,26. Di urutan kedua, SMP Negeri 8 dengan nilai 93,61 dan SMP Negeri 1 dengan nilai 89,29 di posisi ketiga. Sementara SMP Negeri 13 tercatat memiliki nilai terendah, yaitu hanya 65,95.