Tidak hanya menghadapi pandemi, Indonesia juga harus menanggung beban bencana alam pada awal tahun. Hingga 21 Januari 2021, terdapat 185 bencana alam di Indonesia. Kejadian bencana alam tertinggi terdapat pada banjir sebanyak 127 kejadian, tanah longsor 30 kejadian, dan puting beliung sebanyak 21 kejadian.
Bencana alam lainnya sebanyak 5 kejadian gelombang pasang/abrasi dan 2 kejadian gempa bumi. Akibat bencana alam ini, sebanyak 1,3 juta orang menderita dan mengungsi. Selain itu, terdapat 1,2 ribu orang luka-luka, 166 meninggal dunia, dan 11 orang hilang.