Setidaknya terdapat tujuh wilayah baik kota/kabupaten maupun provinsi penyelenggara Pilkada serentak 2017 menghasilkan perolehan suara yang sangat tipis di bawah dua persen. Di antaranya Provinsi Banten dan Provinsi Sulawesi Barat, Kota Yogyakarta, Kota Salatiga, Kabupaten Gayo Lues, Takalar, dan Bombana. Perolehan suara antar kandidat paling tipis terjadi di kota Yogyakarta, yakni hanya 0,6 persen.
Selisih suara tipis ini rawan gugatan. Mahkamah Konstisusi bersiap menerima gugatan pada 22 Februari 2017. Bagi pasangan calon yang merasa dicurangi dapat mengajukan perkara. Perkara akan mulai diperiksa hakim mulai 13 Maret 2017. Sementara putusan akan diterbitkan paling lambat 19 Mei 2017.