Sektor transportasi menjadi penyumbang defisit terbesar pada neraca pembayaran jasa sepanjang triwulan I 2016. Dalam tiga bulan pertama 2016, transportasi menyumbang defisit US$ 1,23 miliar atau 108 persen dari total defisit neraca jasa, yakni US$ 1,13 miliar.
Impor barang yang banyak menggunakan kapal berbendera asing membuat impor jasa transportasi barang mencatat defisit lebih dari US$ 1 miliar. Defisit jasa transportasi barang disebabkan oleh ekspor hanya sebesar US$ 408 juta, sementara impor US$ 1,5 miliar. Kemudian jasa transportasi penumpang juga mengalami defisit US$ 141 juta disebabkan nilai impor mencapai US$ 474 juta, sedangkan ekspor hanya mencapai US$ 333 juta.
Neraca pembayaran transaksi berjalan untuk jasa-jasa sepanjang 2015 mencatat defisit US$ 8,3 miliar atau turun 17,1 persen dari tahun sebelumnya, yaitu US$ 10,01 miliar.