Kementerian Agama mencatat ada 26.973 pondok pesantren yang tersebar di seluruh provinsi di Indonesia. Jawa Barat memiliki jumlah paling banyak, yakni 8.343 pondok pesantren. Lalu, diikuti oleh Banten, Jawa Timur, dan Jawa Tengah di kisaran 3-4 ribu pondok pesantren.
Aceh memiliki 1.177 pondok pesantren, sementara Nusa Tenggara Barat dan Lampung sekitar 600 pesantren. Selanjutnya, ada setidaknya 300 pesantren masing-masing di DI Yogyakarta dan Sumatera Selatan.